对于义务人得以拒绝亲子鉴定的正当事由，各国基于其所贯彻的血统主义程度的不同，在立法上也予以了不同的界定，但共同的原则均是从保护子女利益以及公益的角度，主张履行亲子鉴定的协力义务是高于其在其他的诉讼中作为证人的一般性的义务。所以大多数的国家都规定了当事人或第三人在亲子关系的诉讼中不得援引拒绝证言的事由来拒绝履行协力义务。
对于当事人或第三人可以拒绝配合鉴定的正当事由，结合各国的理论和我国司法实务的经验，笔者认为可以有以下事由：
第一是实施亲子鉴定的采样行为将有损被检人的身体健康或心理健康时，义务人可以拒绝检查。
第二是若鉴定将会对未成年子女之最佳利益造成显著危害，则可以成为拒绝鉴定正当理由。
第三是我国在该技术水平上还尚不足以正确认定生物学上的亲子关系，即使义务人并不拒绝，也无益于案件的解明，如父亲死亡，父亲的兄妹和其女儿之间的鉴定，如兄妹血缘鉴定等，都无法利用我国现有技术鉴别是否具有亲子关系。
第四是已存在有效的胜诉判决，如丈夫一方已有亲子关系否认之诉的胜诉判决，即可拒绝确认亲子关系之诉中的亲子鉴定的协力义务，此项是对我国既判力的维护。
也即在诉讼中，法官应该权衡各方利弊，在综合全案的情况下，在具备上述之一的正当事由的情况下，可以有前提的允许当事方或者第三人不用履行义务。
与此同时，在对协力义务当事人作出不利推定时，除了以上的正当事由之外还应当考虑以下要素：（1）当事人对自己所主张的事实是否已经提供了自己力所能及的全部证据，（2）当事人从客观上根本无从了解事实，（3）对方对待证事实的证明和证据提供是显示可能的。
