检测Amelogenin基因座鉴定性别，特别是根据XY同源的Amelogenin基因第一内含子在X染色体上有6bp缺失的特征鉴定性别的方法，具有灵敏、快速、准确、对降解DNA样本有效等特点，目前广泛应用于医学、考古学、产前诊断等领域，但Santos RF等（1998）对DNA鉴定性别的方法的可靠性进行了研究后，对根据X，Y同源的Amelogenin基因鉴定性别的方法提出了质疑。他对350例来自世界不同地区的无关正常男性DNA样本进行了分子杂交和/或PCR扩增检验。发现其中2例来自斯里兰卡的男性标本Y染色体短臂的靶序列缺乏阳性结果。通过探针杂交发现缺失包括DYS7/A，DYS7/B，92R7/A，LLY22g/A，B，C，F。通过交替使用多对探针及多对针对Amelogenin基因鉴定性别的引物，均仅扩增出X特异性片段。据此结果，他建议法医DNA分析及产前鉴定胎儿性别宜采用复合扩增的方法，同步检测Amelogenin基因及性别决定基因SRY（sex determing gene）更稳妥。基本方法有：
1. DNA用常规方法用有机法或Chelex 法提取。
2. Amelogenin基因引物用Amel A及Amel B，序列同前。SRY引物序列为：
F11 5′-ATA AGT ATC GAC CTC GTC GGA A-3′
R7 5′-GCA CTT CGC TGC AGA GTA CCG A-3′
3. 扩增体系为：反应体积12.5ul,其中含1u金牌DNA聚合酶、引物各1umol/L,dNTP各200umol/L,1.5mmol/L MgCl2，人基因组DNA 10～20ng。循环程序为94℃ 10min后94℃ 20s、60℃ 20s、72℃ 40s，30个循坏后72℃保温10min.
4. 扩增产物用T5%、C3% PAG电泳，胶长20cm、电泳缓冲液1×TBE，恒电流40mA电泳2h。银染显带。正常女性仅有X特异性产物106bp，正常男性有Y特异性产物分别为112bp及93bp及X特异性产物106bp。而Amelogenin基因Y特异性片段缺失男性Y特异性产物仅93bp，X特异性产物为106bp。
