由于存在遗传突变，在亲子鉴定研究中必须考虑突变因素。STR基因座的突变率为每一千次减数分裂中发生1～4次或0.1%～0.4%(见附图）。美国血库协会（AABB）已经针对亲缘关系鉴定中的突变情况制定了标准。AABB标准认为突变是遗传中自然发生的，标准5.4.2指出每个基因座的突变率必须记录在案。另外，标准6.4.1重点指出若仅有单DNA基因座排除，不能做出非父排除的结论。
亲子鉴定实验室普遍接受“双排除”原则。换言之，如果被控父亲与孩子有两个遗传基因座不符合遗传规律，那么被控父亲也不能排除为这个孩子的生物学父亲。我们需谨记：检测的遗传系统越多，检测到随机突变的概率越大。由于STR分析通常检验12个或更多个基因座，故孩子和其真正的生物学父亲之间存在2个突变也就不足为奇了。
相关评论：
科鉴基因来自河北廊坊的客户反馈：司法亲子鉴定有一个位点突变增加检测到40个位点才给出鉴定意见。
2016年预约鉴定中心人员到河北爱德堡医院做的司法亲子鉴定，父子两人做的司法亲子鉴定，母亲父亲孩子三人做的个人亲子鉴定，因为母亲不在场，母亲的样本是已经采集好的血痕，结果父子两人有一个位点不符合遗传规律，父母子三人的直接出了结果以及个人鉴定报告，司法的父子两人同时增加检测到40个基因座位点才给出了鉴定意见并出具了司法鉴定报告。
科鉴基因来自北京海淀区的客户反馈：个人亲子鉴定有一个位点突变后，提供了母亲的样本。
2017年做的个人亲子鉴定，小孩是自己采集的血痕带到鉴定中心，父亲现场采集的血痕，结果出现孩子和大人有一个位点不符合，其实就是亲子关系的结果，但是还是提供了母亲的样本，检测出母亲的DNA信息，原后与已经检测出的父亲和小孩的DNA信息，三者父母子比对，得到明确的结果。
