检验者对毛发和纤维的完成显微比对比mtDNA分析更快，因此显微比较可作为一种有效的筛选手段来减少需进行mtDNA测序的物证数量。通过比较后发现，毛发显微筛查和线粒体DNA检验这两种技术是互补。
由于在提取过程会破坏毛发，因此在mtDNA检验之前先由检验者进行毛发的物理检验。尤其对毛干分析，常利用组织研磨破坏毛发的角蛋白，使之释放出mtDNA分子。通常在仔细清洗毛发表面后剪取1～2cm的毛干进行检验。
通过比较头部、外阴、腋窝的毛干，发现头部毛干的成功率最高，在反应体系中加入小牛清可以减少Yoshii及Wilson等人（1995）DNA中提取到的黑色素对PCR的抑制效应。巢式PCR扩增能成功地从33～330fg的基因组DNA中获得mtDNA序列信息。
在亲子鉴定中在毛发样本中一般都要求5岁以上的人带毛囊的头发5根，其主要是毛囊部分含有核DNA，对于核DNA的检测技术成熟稳定，相对于mtDNA检测费用低。毛干部位含mtDNA也可以检测，但一般是建议采集的。只有刑事案件在不得以的情况下才考虑这种特殊的样本作为检材用。
