DNA分子标记是能反映生物个体或种群间基因组中某种差异特征的DNA片段。此DNA片段是将基因组DNA经过限制性内切核酸酶切割和分子杂交货PCR扩增后在电泳凝胶阿航检测的。与前三种遗传标记相比，DNA分子标记具有诸多优点，包括：
1、能对生物各发育时期的个体、组织、器官和细胞进行检测，直接以DNA的形式表现，不受环境影响，不存在基因表达与否的问题；
2、 数量丰富，遍及整个基因组；
3、遗传稳定，多态性高；
4、对生物体的影响表现为“中性”，不影响目标性状的表现，与不良性状无必然连锁；
5、多为共显性，能为鉴别纯合基因型提供完整的遗传信息；
6、操作简便等。
这些优点使其广泛应用于生物基因组研究、进化分类、遗传育种、医学和法学等方面，成分分子遗传学和分子生物学研究与应用的主流技术之一，并且对社会产生巨大冲击。目前，被广泛应用的DNA分子标记主要有RFLP（限制性片段长度多态性）、RAPD(随机扩增多态性DNA)、AFLP(扩增片段长度多态性)、STS（序列标记位点）、SSR或SSLP（简单重复序列）和DNA指纹技术等。
总之，遗传标记的发展随遗传学和科技的发展而发展，总的发展趋势为由低级到高级、由间接到直接、由粗略到精确。上述前3种遗传标记均以基因表达结果为基础，是对基因的间接反映，第4种标记是DNA水平遗传变异的反映，是对基因的直接反映。4种遗传标记各有其特点，因此，在遗传学研究与应用中要注意使其既发挥各自独特的作用，又使其互相配合，以发挥更大的协同作用。
