亲子鉴定中不同男性个体混合斑如精液-精液、血液-血液、血液-唾液等不同男性个体的混合物，提取的DNA显然是多个个体混合材料，不同个体DNA无法区分，此时检验Y染色体特异遗传标记可能有所帮助。例如强奸案件中的精液斑，检验Y染色体特异的STR基因座常常可以确定精液供者的人数。此时虽然不能从混合物分析中直接推断出各个强奸犯的单倍体，但可以对混合物和嫌疑人的单倍型分析直接比对，可望获得犯罪的线索。
在亲子鉴定个体识别中，当采用多个Y染色体特异STR基因座进行检验时，联合识别力可能达到很高。但Y-STR基因座等位基因是单倍体，各基因座的遗传是连锁的；同一父系的男性，具有同样的单倍体，因此Y-STR多态性作个人识别有一定局限性。有实际意义的是Y-STR单倍体不一致时，可以做出否定的结论。
