DNA亲子鉴定判定的是父子关系。
亲子关系的判定是在排除同卵多胞胎、近亲及外源干扰的前提下，作出最后的明确的结论的。
近亲有可能存在亲子关系的。也是就是兄弟两人做亲子关系分析时，根据孟德尔遗传规律，联合应用亲子关系的分析，是有可能存在亲子关系的结果的。其兄弟两人做亲子关系分析，大多情况下是否定的亲子关系结果，其存在肯定的关系的结果的概率为1/2的20次方（21位点的检测系统时），这个概率可以由孟德尔遗传规律得到，目前这种现象在亲子鉴定中心实际案例中也是碰到的，常被亲子鉴定中心称为亲代同侧基因座遗传，在专业上应该是没有具体的定义，只是作为专业人士大家口头上的小概率现象相互认同解释，没有多大研究的价值。即使现实中没有出现过，根据遗传学遗传规律，大家也能是知道这种遗传小概率的存在。
兄弟关系可以由亲缘关系鉴定确认，目前亲缘关系是可以精确到同父同母、同父异母、同母异父、爷孙关系、叔侄关系等明确的亲缘关系。
一般亲子鉴定只需要使用21位点的系统就可以了，40位点的系统知识作为特殊情况作进一步的验证。亲缘关系像比较精确的同父同母、同父异母、同母异父、爷孙关系、叔侄关系等至少需要检测40位点的， 其亲缘关系数据处理也是也不亲子关系的数据处理计算量大一些。因此亲缘鉴定的费用一般也是亲子关系鉴定费用的二倍多。
相关评论：
科鉴基因来自河北的客户反馈：父子三人亲子鉴定是亲生，一个非亲生。
2017年做去北京做司法亲子鉴定，父子三人，5-7个工作日出结果，一个否定的，一个肯定的。DNA检测亲子鉴定确实科学。尽管一直看到结果里面描述为需要排除近亲，也就是近亲有可能结果是亲子关系的，出于侥幸，当时参与鉴定的非亲生的是侄子，是想通过亲子关系把侄子的户口迁到自己的名下的，结果，检测21基因座位点，就直接排除了亲子关系。
科鉴基因来自江西的客户反馈：做父子鉴定是亲子关系的，拿父亲的样本参与比对是否定的。
2016年去北京做的个人亲子鉴定，向鉴定中心提供了父子两人的样本，一周左右出了结果是肯定的。问鉴定中心怀疑孩子是父亲的，怎么办？也许结果是不正确的。是不是增加检测到40个位点看看。鉴定中心回复，可能的情况在技术原理上有，但实际上几乎是不存在的，如有怀疑，最好提供委托人的父亲的样本，与孩子比对分析亲子关系，提供父亲的样本检测后，发现有四个位点不符合遗传规律，只是不符合的位点DNA数据比较接近，但是是可以直接排除委托人的孩子与委托人的父亲的不是亲子关系的。
