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DNA鉴定之SNPstream技术

      SNPstream技术Ochid公司推出的一套自动化、超高通量基因型分析系统。该系统将多重PCR技术与SNP-ITTM标签阵列单碱基延伸测序技术巧妙地结合在一起。它使用的是寡核苷酸微阵列,采用了一种全新的玻璃底座的384孔板,多重PCR反应与基因型分析是在同源反应中进行的,然后由软件从双色荧光中读出实验的结果。这个系统的灵活性在于既适合于对包含成千上万个SNP和成千上万个样品的大项目进行低成本分析,又适合于对包含成百上千个SNP和成百上千个样品的小项目进行低成本分析。

      该系统需要三条引物,即一对PCR引物和一条SNP-IT引物。PCR引物一般为20~25bp,SNP-IT引物一般为40~45bp,SNP-IT引物由以下两部分构成:5′端20bp的序列与微阵列中的对照标签互补;3′端25bp的序列能够形成3 ′互补,从而完成在SNP-IT反应中的延伸。引物的设计均采用Orchid公司推幽的基于网络的引物设计工具Autoprimer.com,此网络工具一次可以输入200个序列,每个序列上有一个SNP位点。Autoprimer. com设计工具阅读每个序列并设计三条引物。在384孔板中可以进行5µm的PCR反应,PCR反应之后,需要进行PCR产物的清洁和延伸反应,然后进行SNP成像分析。SNPstream成像仪是基于两种激光产生两种颜色的方法,每个样品首先用488nm的激光照射,然后是532nm激光的照射,以激活固定在UHT微阵列板上的寡核苷酸的荧光。
      SNPstream是一个自动化的多元系统,在384孔板上的每一个孔中,既可以处理12个SNP样品,又可以处理48个SNP样品。不论用户的研究目标是低通量还是高通量,此系统对于每一个样品的成本是相同的。在SNP引物与预扩增的DNA杂交后,标记了的终止碱基就会在目标SNP位点延伸引物。延伸了的引物就会被SNPware Tag Array板捕获并被检测出来。在SNPware Tag Ar-ray板上可以同时进行多元反应,板上的384孔中的每一个孔中有16个或52个已知序列或标签的独一无二的寡核苷酸,板上的每一个标签与12个或48个延伸引物栎签之一互补.其余4个对照是为了确保其准确性。与为每个待测SNP个性化定制的微阵列板相比,此基于标签的方法充分运用了普通微阵列板的大体积与低制造成本的特点,在成本、基因型及反应体积的缩减方面,PCR与SNP-IT标签微阵列相结合的多路技术取得了重大的进步,而且初步的使用提示多路技术与扩充微阵列的进一步增加将会使基因组和大范围内的种群SNP基因分型日益实用化。在结果的一致性与准确性方面,有文献报道,在一组盲测实验中,将大约7800个UHT基因型与那些通过DNA测序已定的基因型进行比较分析,结果显示与已知基因型的一致性达到99. 5%。
 
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