用于组织包埋的固体石蜡为多种烃烷混合物，熔程为50～65℃，其化学性贯稳定，在通常条件下不与酸性（除硝酸外）和碱性溶液发生作用。迄今尚无石嫱能直接导致包埋组织DNA降解的报道。但石蜡可阻碍消化液对组织的渗透，从而抑制蛋白酶K与组织内蛋白质的接触，影响组织消化和DNA释放。在DNA提取过程中，如未能有效去除石蜡，形成的DNA-石蜡混合液将不利于PCR扩增。现阶段最为有效的脱蜡方法是用石蜡溶剂二甲苯进行脱蜡，其次还有水浴脱蜡。操作步骤分别如下所述。
1)二甲苯脱蜡：①将石蜡包埋组织切成5～10µm厚的薄片，置于1.5ml离心管中，加Iml二甲苯颠倒振摇40min以上；②用无水乙醇离心沉淀洗涤3次；③在40℃的加热块上烘干。
2)水浴脱蜡：①将石蜡包埋组织切成5～10µm厚的薄片，置于1.5ml离心管中，加Iml STE缓冲液(10mmol／L Tris-HCI，100mmol／L NaCl，Immol／LEDTA)；②72℃水浴10min；③插入吸水滤纸条，将浮蜡及STE吸干。再加入Iml STE，反复多次，至石蜡除净，烘干。
