同一基因座的STR基因分型是通过比较样本与相同基因座等位基因ladder的大小而确定的，因而不同的电泳均需要有高精确度，才能保证等位基因ladder的电泳和未知样本的电泳间正确比对。检测系统的精确度通过在正常的系统操作条件下，对已知样本或等位基因ladder进行分析来确定。
分离和检测平台的精确度必须小于+/-0.5bp，既能分辨微变异等位基因，又能分离相差一个核苷酸的完全重复等位基因。通常情况下，PCR产物的分子量越大，检测的错误率越大。因此，与小基因座如D3S1358和TH01比较，如FGA和D18S51等较大STR基因座的等位基因会有较大的检测变异。
对于ABI 310用户，由于在两个等位基因ladder间的大量样本依次进样电泳，不同电泳之间的比较要求较高的精确度，以保证电泳间的比对。即使用平板电泳分析样本，因为每一板上ladder有限，比对不同泳道之间样本时也要求高精确度。这一原则同样适用于多个毛细管电泳分析系统。
ABI 310的精确度通常小宇0.1bp。即使电泳时2℃或3℃的微小室温变化可以引起等位基因峰的漂移，与内标有轻微不同，就会导致片段长度不同。针对此问题，应增加等位基因ladder的电泳，如每10个样本作一个，而不是20个，这样分析样本时可利用与之最近的ladder。
