不幸的是由于恐怖主义的威胁以及生化武器的运用，未来法医微生物检测将很有可能占据DNA检测工作的大部分。微生物证据可能来自真是的恐怖事件或恐吓案件，因此，在这个领域中要求法庭科学实验室与院校、私人研究机构、我国实验室建立较强的合作关系。在生物威胁的案件中，需要建立对混合检材高度敏感度、高特异性、高效快速的检测方法，发展便携式的检测装置，建立我国内部用于检测结果可靠程度的操作标准和参照。
2001年10月，一次生物恐怖事件引起极大关注，一些美国政府官员和媒体收到含有炭疽杆菌的邮件，这些邮件造成了22人感染炭疽热，其中五人死。在之后的几个月内许多人都害怕拆开他们的邮件。在这次攻击后的两年里，有12.5万邮件被检测，但迄今为止仍没有人声称对此次恐怖事件负责。
搜集生物犯罪证据、确定生物种类以及搜寻生物来源方面仍存在许多难题。在有生物武器的犯罪现场，第一个到达场的案件处理人员在采集现场证据的同时，必须确保自身及其他人员的人身安全，尽量避免对证据和环境的污染。要建立原始物种和具有生物威胁物种的数据库，以用做比对的目标，同时进行确认实验来排除假阳性和假阴性。
据一份警方报纸上报道，美国正在致力于建立针对生物恐怖的反恐应急机制。FBI已经成立了微生物遗传学与法庭科学工作组，旨在建立法医微生物学方面的操作指南。目前，对于可用于恐怖主义袭击的生物试剂，已经有许多方法可以进行分析和鉴定，并且这个领域的研究仍持续下去。
在调查易感性疾病暴发的案例时，基因组测序可谓一种行为有效的工具，对炭疽热病毒的全基因组测序工作已经开始进行。人们已经承认了HIV病毒所引起损伤的系统分析方法，并且该方法已可以用作法庭证据。然而，由于细菌的和病毒的无性繁殖以及克隆非常普遍，因此，在现场物证和参照样本的比对上其准确性相对于人类个体识别鉴定而言是偏低的，因此有性繁殖会将每一代遗传信息都糅合起来。
