与亲子鉴定常染色体STR基因座比较，Y-STR分型的法医学应用具有以下特点。
1 亲子鉴定Y染色体为男性所有，对单拷贝Y-STR基因座，每个男性个体仅有一个等位基因，因此Y-STR分析在法医物证鉴定中的特殊意义在于混合斑痕中推断男性个体的最少人数；而多拷贝Y-STR基因座，每个男性可有一到多个等位基因，且分型结果中单峰和多峰间呈明显的剂量效应关系。
2 亲子鉴定Y-STR呈父系遗传特征，只能由父亲传递给儿子，同一个父系的所有男性个体均具有相同的Y-STR单倍型（除非发生突变），故在父系亲缘关系鉴定中有一定的使用价值。
3 在减数分裂过程中，Y-特异性区不发生重组，所有亲子鉴定Y-STR基因座均连琐遗传，故不能采用乘法原则将各基因座等位基因频率相乘，而应将所有Y-STR基因座分型结果视为一个单倍型，再根据被测男性所在群体的单倍型频率分布评估证据价值。
4 评估亲子鉴定Y-STR鉴别能力的指标是遗传差异度（GD）。GD=1-Pi。GD值即Y-STR的个体识别能力DP值，数值也等于其非父排除率（PE）。
