Peter Gill和Amanda Kirkham在最近发表的一篇题为《STR分析案件中污染影响度评估模型的开发》的文章中探讨了污染对检案结论的影响(Gill及Kirkham,2004)。阴性对照被用于对一个操作单元的总体污染水平进行预测。然而，因为PCR污染可能发生在特定的试管，所以同时检测的阴性对照不能完全确定同批次提取的检材不存在污染(Gill及Kirkham,2004)。这项研究认为，污染最可能导致的结果就是得出错误的排除结论，因为污染的基因组DNA会抑制案件样本中含量极微的原始DNA，或者可能掩盖所形成的混合斑中犯罪的基因型。
在正规的法医DNA实验室，污染的可能性应该是很小的，但它可能在重新检查一些旧案时具有意义，包括“解救无辜者计划”。比对，未带手套的警官或证据管理员处理一个20年前旧案的生物检材（在了解现代DNA检测的灵敏性之前），犯罪的DNA可能会被检材收集人员的DNA污染。因此，在进行DNA检测时，可能检材到的是勘查人员或证据管理员的DNA，而不是真正犯罪的DNA。在其他证据缺乏的情况下，由于犯罪现场原始证据未能找到犯罪的DNA分型，正在服刑的犯罪可能被错误地宣布是无辜的。这个例子强调，在案件中DNA证据的意义只是作为一个调查的工具，而不是证实无辜者或犯罪的惟一、绝对的证据。
为了减少实验室检测DNA样本时的污染问题，PCR扩增反应前和PCR扩增反应后的操作应分别在独立的区域进行。实验室污染是不可能完全消除的，但可以通过阴性对照及工作人员数据库主动评估(Gill及Kirkham,2004)。不过，DNA样本如果在收集阶段就被污染，分型结果将会是一个混合结果，需要像下一节里介绍的那样进行结果的解释。
