从犯罪现场提取的血痕或精斑，或者是从嫌疑人或亲缘鉴定中提取的血液样本，这些生物检材除DNA外还包含许多物质。在分析DNA前，必须将DNA_同其他细胞物质分离。细胞中包裹、保护DNA的细胞蛋白可抑制DNA分析。因此，DNA提取方法是将蛋白和其他细胞物质同DNA分子分离。另外，为了保证得到较好的结果，在进一步分析之前常需检测DNA的质和量。
目前法医DNA实验室最常见的三种DNA提取方法是：有机提取法、Chelex法和FTA卡。根据被检生物样本类型选用精确提取或DNA分离方葚：例如，全血的提取方法与血痕、骨骼组织不同。
有机提取法，有时也称做酚．氯仿提取法，应用已很久，仍用于RFIP或PCR的分析。用有机提取法可更有效地获琶趋坌量萤的D坠，这对RFIP来说是必需的。
Chelex法比有机提取法更快捷。另外，Chelex法的步骤较少，可减少样本间的污染。chelex法获得的是多筵DNA!只能用于PCR的检测。
无论用哪种提取方法，所有样本都应该认真处理，以减少样本间或外源DNA的污染。在法医DNA分析过程中，提取过程是实验室中DNA样本最易被污染的阶段。因此，实验室经常妥分时间段处理证据样本，有时甚至要在不同地方处理。
参照样本最常见的准备方法是将一滴血滴在棉布上制成1 CII12大小的血痕。一滴血即10µl的全血，其中，白细胞数量接近70 000～80 000个，基因组DNA近500ng。实际含量可因样本中白细胞数日和DNA提取过程的效率而改变。
已提取的DNA通常贮存在- 20C的冰箱中，如果要长期保存则存于- 800C的冰箱中，以防核酸酶的影响。核酸酶是在细胞中发现的一种酶，可以降解DNA以利核酸组分的再生。核酸酶的作用需镁离子的存在，因此，防止核酸酶消化血液DNA的方法之一是用含EDTA抗凝剂的紫色盖试管转运全血，EDTA可螫合或连接游离的镁离子，从而防止核酸酶裂解DNA。
